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Moleküldesign für funktionelle Gruppen

Generell ist das Erstellen von Molekülstrukturen in externen Editoren recht einfach. Moleküle zur Verwendung in funktionellen Gruppen sind jedoch etwas schwieriger zu erstellen.

Es wird ein externer Moleküleditor benötigt!

Eine beliebige kostenlose oder kommerzielle Anwendung die Dateien im *.mol Dateiformat speichert kann verwendet werden.

 

Funktionelle Gruppen sind Bestandteile dieser Moleküle. Aus der Sicht der funktionellen Gruppe ist diese ein Molekülrest. In der Datenbank der Interpretationsregeln werden diese Molekülfragmente zur Identifikation einer funktionellen Gruppe in einem analysierten Molekül verwendet. Zu diesem Zweck muss der Molekülrest an den ein bestimmtes Molekülfragment gebunden ist sehr genau definiert werden, um die chemische Umgebung genau abzugrenzen.

Beispiel:

Unten ist eine Carbonsäure gezeigt, die an einen beliebigen Molekülrest gebunden sein kann:

In der Definition der entsprechenden funktionellen Gruppen müssen Molekülfragmente zugewiesen werden. Weiterhin muss der unbekannte Molekülrest (dargestellt durch das Fragezeichen) genauer definiert werden. Dies ist nötig, um z.B. aliphatische Carbonsäuren von aromatischen Carbonsäuren unterscheiden zu können. Im Falle der aromatischen Carbonsäure muss der Rest eine aromatische Verbindung sein und darf auf keinen Fall eine aliphatische Vebrindung wie z.B eine Alkylgruppe sein. Folglich werden die Reste (Fragezeichen) als generischen Atome mit speziellen Eigenschaften angesehen. Diese Eigenschaften werden im Dialog Atomeigenschaften definiert (siehe unten).

Arbeitsablauf zur Erstellung eines Moleküls für eine funkt. Gruppe

Um ein Molekül zu erstellen, führen Sie bitte die folgenden Anweisungen durch:

  1. ֖ffnen Sie den externen Struktureditor und zeichnen Sie die funktionelle Gruppe.

  2. Ersetzen den undefinierten Rest durch ein R Atom.

Beispiel: Molekülfragment Carbonsäure

  1. Speichern oder exportieren Sie das gezeichnete Molekül (*.mol oder *.sk2).

  2. Wählen Sie den Zweig der funktionellen Zielgruppe in der Baumansicht des Regel-Designers.

  3. Ziehen Sie die Moleküldatei (*.mol oder *.sk2) aus dem MS-Windows Explorer auf die Spektrenansicht innerhalb des Regel-Designers:


     

  4. Doppelklicken Sie mit der linken Maustaste auf das R Atom des Moleküls um die Eigenschaften des generischen Atoms einzustellen.

  5. Der Dialog "Eigenschaften generisches Atom" wird geöffnet. Hier können die Atomeigenschaften des generischen Atoms  im Sinne der SMILES und SMARTS Nomenklatur angepasst werden. Einzelheiten finden Sie im Abschnitt "Eigenschaften generisches Atom".

  6. Schlieߟen Sie den Dialog nach erfolgter Bearbeitung durch Klick auf den Button.